Azure Stack環境でカスタムLinuxイメージ(オンプレミスで作っておいたLinux OSのVHDファイル)から仮想マシンを起動しようとしたとき、仮想マシンの作成自体はうまくいくものの起動状態にならなかった場合、WALinuxAgentのバージョンが古いことが問題の可能性があります。 たとえpublic Azure環境では起動できるVHDファイルだったとしてもAzure Stack環境では動かない可能性あるらしく、ドキュメントにも記載があります。
WALinuxAgentのバージョン2.2.2以上が必要です。かつ、2.2.12 や 2.2.13など特定のいくつかのバージョンは動かないとあります。WALinuxAgent 2.2.2のリリースは2017年1月なので古いといえば古いバージョンですが、念の為うまくいかないときはチェックするといいかもしれません。